Wieś została założona w 1272 r. Bolesław Odonicz sprzedał ją Henrykowi Stroibirowi z Kłecka a ten zasiedlił ją na prawie niemieckim. W 1364 r. wieś weszła wraz z parafią margonińską w skład diecezji poznańskiej. W 1579 r. liczyła 16 gospodarstw, 6 zagród i 1 kuźnię. W 1618 r. wspomina się o młynie wodnym z dwoma trybami. W XVI i XVII wieku w Próchnowie znajdowała się gmina Braci Czeskich. Ich zbór zamieniony później na magazyn i sklep spożywczy rozebrano pod koniec lat sześćdziesiątych XX wieku. Po pierwszym rozbiorze Polski w 1789 r. majątek Próchnowo staje się własnością Antoniny z Garczyńskich Skórzewskiej, żony właściciela Margonina hrabiego Fryderyka Skórzewskiego. W tym czasie wieś liczyła 180 mieszkańców, w tym 10 Niemców. Po śmierci Antoniny Skórzewskiej właścicielem Próchnowa zostaje jej syn hrabia Heliodor Skórzewski. Wówczas zamieszkiwało ją 271 mieszkańców, a w 1871 r. 579 – w tym 22 Niemców. Kolejni właściciele to Stanisław syn Heliodora, a po jego nagłej śmierci Ofelia córka Heliodora i jej mąż Józef Potulicki. W 1867 r. majątek Próchnowo stał się „majoratem”, a pierwszym „ordynatem” został syn Ofelii i Józefa hrabia Zygmunt Potulicki – Skórzewski.

W skład „majoratu” obok Próchnowa wchodziły następujące wsie: Bugaj, Dziewoklucz, Klaudia, Nowe Próchnowo (Heliodorowo), Ofelia, Sułaszewo, Tereska, Witkowice oraz Zbyszewice. W 1910 r. Próchnowo liczyło 473 mieszkańców, w tym 7 Niemców. Ostatnim „ordynatem” był hrabia Roman Jerzy Potulicki – Skórzewski. Poszczególne folwarki majątku były zarządzane przez dzierżawców. W wyniku nadużyć ostatniego „ordynata”, w 1938 r. „majorat” stał się „dominium państwowym”. W czasie okupacji gospodarowali w nim Niemcy. W latach 1945 – 1992 był zakładem Państwowego Gospodarstwa Rolnego w Margoninie, a od 1968 r. w Strzelcach. Po rozwiązaniu PGR – ów zastał skomunalizowany przez samorząd Miasta i Gminy Margonin i sprzedany Kombinatowi Spółdzielczemu w Adolfowie.

Antonina Skórzewska w 1789 r. pobudowała w Próchnowie swoją letnią rezydencję. Stanęła ona na miejscu podupadłego dworku. W latach 1824 – 1848 Heliodor hrabia Skórzewski dokonał kilkakrotnie przebudowy letniej rezydencji na siedzibę rodową. W tym też czasie tj. w 1827 r. na pobliskim głazie narzutowym w Ofelii kazał wyryć napis upamiętniający jego matkę Antoninę z Garczyńskich hrabinę Skórzewską. Kolejna przebudowa pałacu nastąpiła w latach 1867- 1871. Z tego okresu do dzisiaj zachował się podstawowy obrys budynku oraz fronton główny z herbami rodzin Skórzewskich i Potulickich. Pałac otoczony był wspaniałym parkiem z ciekawymi okazami drzewostanu i trzema stawami.

W 1878 r. w pałacu próchnowskim urodził się Kazimierz Romuald Graff, syn Stanisława Graffa – dzierżawcy majątku Próchnowo. Kazimierz Graff był światowej sławy astrofizykiem, profesorem uniwersytetów w Berlinie, Hamburgu, Poznaniu i w Wiedniu. Uważany jest za ojca współczesnej astrofizyki. Mimo pracy na obczyźnie, kontaktów z Polską nigdy nie zerwał i corocznie odwiedzał swą poznańską rodzinę. Zmarł we Wiedniu w 1950 r.

W latach 1919 – 1920 pałac był kolejno siedzibą dowództwa batalionów z 4, 9 oraz 7 pułku strzelców wlkp. ochraniających ówczesną linie demarkacyjna wytyczoną rozejmem w Trewirze 16 lutego 1919 r. Linia ta przebiegała w połowie drogi pomiędzy Margoninem, a Ofelią. W okresie II Rzeczpospolitej dokonano kilku niewielkich remontów, a w 1934 r. zmieniono dach i elewację lewego skrzydła pałacu. Taki wygląd pałacu zachował z niewielkimi zmianami do końca XX wieku.

Po II wojnie światowej w pałacu umieszczono przedszkole, bibliotekę publiczną, a pozostałe pomieszczenia zamieniono na kuchnię, stołówkę i mieszkania dla pracowników PGR. W latach dziewięćdziesiątych właścicielem pałacu stał się Ochotniczy Hufiec Pracy. Junacy OHP uczą się zawodu kończąc szkołę podstawową oraz zawodową. W 2004 r. ukończono rozbudowę prawego skrzydła i modernizację pomieszczeń pałacowych. Od jesieni 2006 r. w pałacu mieści się także filia Miejsko – Gminnej Biblioteki Publicznej w Margoninie.